Dinas Perhubungan Kabupaten Lingga resmi dibentuk menyusul diberlakukannya Undang-Undang Otonomi Daerah pada awal 2000-an, ketika kewenangan pengelolaan transportasi yang semula berada di Provinsi Kepulauan Riau mulai didesentralisasi ke pemerintah kabupaten. Pada tahun 2005, Dinas ini mulai beroperasi dengan kantor pusat di Dabo Singkep, bertugas mengatur trayek angkutan darat dan kapal penyeberangan antar pulau, mengelola perizinan dermaga rakyat, serta menertibkan parkir di pusat kota dan pelabuhan kecil. Selama dekade pertama, fokus utama Dinas Perhubungan Lingga adalah memperkuat konektivitas antar pulau melalui pengembangan rute kapal feri dan peningkatan fasilitas terminal, sekaligus menata lalu lintas jalan desa dan kota. Seiring meningkatnya aktivitas ekonomi dan pariwisata, perannya berkembang dengan penerapan sistem e-ticketing di kapal penyeberangan serta digitalisasi layanan perizinan angkutan. Pada tahun-tahun berikutnya, Dinas terus mendorong inovasi transportasi ramah lingkungan, seperti uji coba kapal berbahan bakar ramah lingkungan dan integrasi data lalu lintas pintar, demi mewujudkan mobilitas yang lebih aman, efisien, dan berkelanjutan di seluruh wilayah Kabupaten Lingga.